灵芝孢子粉在正常的情况下并不会产生副作用，可是有的人对灵芝会存在过敏的状况，食用过后就容易出现呼吸道过敏的症状，比如可能会出现咳嗽和哮喘的症状，甚至有可能会引起呼吸困难，还有可能会引起皮肤粘膜水肿，严重的患者可出现咽喉水肿和无法正常呼吸等副作用。灵芝孢子粉可能会影响到消化道，因此胃炎疾病患者，尤其是胃溃疡患者不宜使用灵芝孢子粉，否则容易引起出血或者穿孔。