冬虫夏草包含了昆虫的幼虫和真菌两种部分，而发酵虫草菌粉主要是从天然的冬虫夏草中分离出的冬虫夏草菌，在采用了人工发酵的方法繁殖后提取的菌丝体可以看得出来，发酵的虫草菌粉只包含了冬虫夏草两部分中的一个部分也就是真菌部分，所以从药物的来源来说，这两种药物是不一样的。说药物功效主治基本相似，但是冬虫夏草的功效相对要比发酵虫草菌粉更多一些。