植发作为一种治疗脱发的手术手段，虽然手术较小，但是对无菌操作的要求却更为严格，如果操作不当会无菌操作不严格，会出现一系列的并发症。主要有：
1.渗血：术后伤口及移植处如过有轻度渗血，属于正常现象。请用消毒纱布轻轻压迫渗血处3～5分钟就可止血，或是使用止血药。手术前、后应避免刺激性食物，禁酒，停用阿司匹林、维生素E、有活血化瘀作用的药物；将有助于避免渗血的发生。
2.感染：植发手术中遵循无菌操作的原则，术后使用抗生素，基本不会出现感染；当伤口有不适或疼痛时，可口服散利痛1片，每次服药间隔4小时。
3.肿胀：有些脱发较严重的患者在术后第三天或第四天将会在额头、鼻梁等处出现轻度水肿，属于正常现象。为减轻肿胀可以在术后前三天睡觉时可用2～3个枕头将头部抬高；用冰袋敷在前额及头部两侧未植发区域可减轻水肿，一般可在一周内恢复，不必特殊治疗；注意不要将冰袋敷在移植处。
4.内生毛发与异物反应：病因是在毛胚制备中没有将无用的毛囊剔除干净，致使毛发强行向皮下组织生长，刺激形成异物反应，重要的还是在于预防。
5.表皮囊肿。
6.一过性手术引起的脱发，又称终末期脱发。
7.瘢痕：植发区不会留下明显瘢痕，枕部供区会留下线形瘢痕，有头发遮挡时不明显。
8.手术区感觉迟钝或麻木，一般可自行恢复。
9.移植毛发部分坏死。