大豆异黄酮之所以具有雌激素样作用，主要是因为其化学结构与女性卵巢分泌的雌二醇相似，可以与人体组织器官上的雌激素受体结合。
大豆异黄酮在体内会表现出有趣的双向调节作用，既能代替雌激素与受体结合发挥雌激素样作用，又能干扰雌激素与受体结合，表现为抗雌激素样作用。大豆异黄酮在体内最终表现为哪种作用，主要取决于机体本身的激素状态。对高雌激素水平者，如某些乳腺癌病人，显示抗雌激素活性；对雌激素水平较低者，如年幼女性、绝经或卵巢切除妇女，显示雌激素活性。大豆异黄酮的这种雌激素样作用对某些疾病具有一定的预防或辅助治疗作用。
大量的临床试验已经证实，大豆异黄酮能有效预防或缓解更年期妇女因雌激素减少所引起的主要症状，如血脂异常、骨质疏松、记忆力减退、更年期潮热等。
进入更年期的女性适当补充大豆异黄酮，可以有助于顺利度过更年期，改善这一特殊时期的生活质量。另外，卵巢切除的女性以及骨质疏松患者在配合临床治疗的前提下，也可以适当补充大豆异黄酮。